ストーリーがよくわからないけど

ウェイランド社がプレの遺跡を発見。
↓
遺跡からプレの科学力とエイリアンクイーンを奪取。
↓
エイリアンの実験中にエイリアン（No6）が逃げ出して大惨事。
↓
レスキューに海兵隊（ルーキー）が派遣
↓
遺跡の異変に気づいてプレも掃除屋（プレ編の主人公）を派遣

てな感じなのかな？アンドロイドが海兵に攻撃してくる理由がわからない。
助けに行ってみたら違法をしてました。ってところなのかな。
時系列ではエイリアン→海兵→プレで間違いないと思うけど。