Q.このゲームって、操作上GCコントローラだとなんか不都合とかありますかね？

Ａ．
GCコントローラの構造上の欠点として
『4ボタンの内、A（決定）ボタン以外同士の同時押しがしにくい』
『PSコントローラのR2、L2キーに該当するものが片方しか無く、オマケに滅茶苦茶使いにくい』
という構造的な欠陥があり、

射撃＋格闘（サブ射撃）
格闘＋ジャンプ（特殊格闘）
射撃＋ジャンプ（リロードなど）
サーチ押しながら射撃（砲撃モード）

と色んな同時押しを使うため同時押しがやりにくいGCコンだと厳しい。
カプエス２の悪夢再来。