東北縦貫線みたいなこと頭に描いて言ってるんだろうが
あれは自社線の直上だからできること
今現在の新名古屋トンネル自体、一部がJRの所有地を借用してて
それだけでも権利関係がめんどくさいことになっているのに
駅丸ごと載せるとか、線路の上走らせるとか、論理的な発想じゃない
だいいちそれができるなら、京急品川や京成日暮里、西武新宿なんかでとっくにやってる