Quartus使いの方いらっしゃいましたら誰か教えて下さい。

Tutorial見てても多層化されたVerilogのモジュールを一切使っては
いませんでしたが。やっぱ平坦なファイルしか使用できないのでしょうか？
それともプロジェクトに追加しさえすればBlock Diagram上に表現されて
ないVerilogファイルでも他のモジュール内のサブモジュールとして
利用できるのでしょうか？誰か教えて下さい。