まずテーブルに[不一致]フィールドをYes/No型で追加して
インデックスを作成しておいて…

次のクエリを6000回繰り返す。
UPDATE テーブル名 SET [不一致]=True
WHERE ([不一致]=False) AND (条件nに該当しないもの)

※繰り返す際、条件nがなるべく厳しいものから実行する。
極端な話、1回目のクエリで2000万件が1件に絞られる可能性もある。


最後に[不一致]=Falseのレコードに対して必要な修正を行う。

※この方法なら40日はかからないはず…1〜2日ジャマイカ？
と条件の内容も知らないオレが無責任に言ってみるｗ