SQLServer／DTSパッケージのバージョンについて

お初です、ごんと申します。

ご存知の方、力をお貸しください。

環境：WindowsServer2003＋SqlServer2000

簡単なオブジェクトコピーのDTSパッケージ　＋
それを起動するC#のAPを作成し、
市販のJOBツールにて、毎日定時起動で処理実行して問題無く動いていたんだけど、

ある日上記DTSパッケージを、エンタープライズマネージャのパッケージ一覧から、
「右クリック→パッケージの実行」を行ったところ、

何故か旧バージョンのパッケージが動いてしまったらしく、
（旧バージョンは元々動作に問題があった為）異常終了してしまいました。。。

「旧バージョンが動いた」というのは、パッケージログから判断した結果なのですが、
同日の定時起動で同じDTSパッケージが動いたタイミングでは
新バージョンのパッケージが動いていました。

MSDNで調べても載っていなかったのですが、パッケージの起動方法等によって、
旧バージョンのパッケージが動いてしまう事があるのでしょうか？