気になって調べてみたんだが、ちゃんとシャットダウンしないと
次回起動時にリカバリー処理が走るらしい。
  DriverManager.getConnection("jdbc:derby:DBNAME;shutdown=true");
で、このgetConnectionは必ずSQLExceptionを吐く。

ijとかのツールは自動的にshutdownしてくれるから気が付かなかったっぽいけど、
まぁちゃんとマニュアルくらい嫁という話だったよ orzｽﾏﾝ