くだらない疑問だなぁ〜。ｗ
細かい説明をしていると話が終わらなくなるので、大まかに説明しよう。

まず、中学と高校の規定は別。高校の説明をしよう。

高校は実は大学と同じ単位制となっている。
どの科目を取るかを生徒が選ぶ事が出来ないようになっているだけ
なのだ。
「普通科」の卒業要件は、これだけの単位をとらないといけない。
という規定がある。
さらに、「□の授業は週に○時間必要。単位を取るには、
出席率△％、テストが◎点以上。が要件」という規定がある。

私立高校の場合、週の時間数が規定を満たしていない科目があり、
何かの行事の日に出席すれば、「□の授業に○時間出席した」
と計算するので、普通科の要件を見たしている。
とする場合もある。

「□の授業をあと○回の欠席もしくは△回の遅刻で進級できないぞ」
というのは、「□の出席率規定を満たさなくなるから、進級に必要な
単位がとれなくなる（＝進級が出来ない）よ。」という意味だ。

このあたりはシステムとは関係ないょ。