俺はファミマだから他は知らないけど、ファミマの直営店は店番号が15から始まるようになってる(たぶん)。
上2桁が15じゃなかったらフランチャイズって事ね。
店番号は公共料金等の支払いをしたら押してくれるハンコにも書いてるけど、店の入り口にも書いてるよ。