結論　損害賠償としては請求可能の為
レジマイナスは補填オーケー

労基法91条(制裁規定の制限)は確かに、
1回の額が平均賃金の1日分の半額を超え、
総額が一賃金支払期における賃金総額の
10分の1を超えてはいけないとしていますが、
これはあくまで懲戒処分としての「減給の制裁」
の規定です。給料を支払った後、
損害賠償を求めることを禁止する規定ではありません。
従って違算の金額を天引きすると言うことであればこれは
減給ではなく損害賠償金の支払いとなる筈なのでそれが
５万円の給料から１万円を控除するとしても会社側に
違法性はないと思います。
(賃金からの天引きについては賃金の全額払いの
原則から多少の問題がある可能性がありますが、
その方が了承しているのであれば実際は特に問題はないかと思います。)