>本部はなぜ定価に戻して廃棄しろと言うのでしょうか？

値下げ後の不良品原価が仕入れ原価を下回り、その結果売上総利益がマイナスに転じ
「マイナスチャージ」が発生する、あるいは「本部がチャージを負担する」という説明

そもそもセブンがそういう会計を採用していることから起こる現象であるわけだが、
そのために一度値下げ処分したものを廃棄するときに、
元の価格に戻さなければならないというのは、道理が通らない。
一般会計なら、こうした問題は起こらない。