暗黙の了解とゆうだけ払わされているなら違法なので拒否してください
「うちの店は1000円以上マイナスの場合店員負担なので」と説明がありそれに了承したのなら違法とは言えないようです
おかしいと思うならまだ新入りのうちにオーナーに納得いかないと言った方がいいと思います
なら1000円以上プラスならくれるのか！と