ポピュラー和声の本と芸大和声はそもそも異なる様式について語っているんだから折り合いなんかつかないに決まってる
……という当たり前のことがわからない人がなんでこんなに大量発生するんだろうな?
個々の様式を超えたメタ様式みたいなものをイメージしてしまうのかね?

>例えば、V7に9thを足す場合に、予備なんかしなくても9thが3rdより下に来ることなんてあるし(いわゆるB-form)
>そもそも導音だって、V7→I(m)6とするならI(m)6の6thに行くことだってあるわけで
だ か ら ど う し た

>どうやって折り合いをつけたらいいのでしょう?
芸大和声のスタイルで曲を書いても良いし、その前に勉強したことで曲を書いても良い。
両者の折衷を適当に扱って曲を書いても良いし、全部無視しても良い。