当代一番人気で実力者だったハイドンとは「音楽史上最も美しい友情」を築いており、様々なエピソードが残っている。

例えば、当時モーツァルトの「ドン・ジョヴァンニ」は満を持して上演するも全くの不評だった。
ある時貴族らのパーティーの席でこの新作が議論になり、黙って座っていたハイドンが意見を求められた。
モーツァルトはその場に不在だったがハイドンだけが弁護して「ドン・ジョヴァンニは最も偉大なオペラです」と言ったという。
また、それから間もなくハイドンはプラハからオペラを依頼されたが
「偉大なモーツァルトに比肩できる者は誰もいない」と返事を書き送っている。

ハイドンセットの試演に立ち会った際にレオポルトに言った賛辞は言うまでもなく、
モーツァルトが死んだとき、ハイドンは涙を浮かべて言っている
「あのような才能はこれから100年は出てこないだろう」