とりあえず楽譜
http://javanese.imslp.info/files/imglnks/usimg/2/25/IMSLP01028-Prefug24.pdf

>>511が引っ張ってきたもの、
特記して"4小節目までh mollだ！"とはどこにも書いていない件。
で、1.1 The prelude-typeに書いてあるように、

①低い声部は大きなセクションの初めと終わり部分に徹底した8分音符の順次進行があること。
②一方で中央・高い声部は模倣や自由対位法的なポリフォニックパターンを含んでいること。
③この2声の動機が他のフーガに関連していること。

が特徴的だということがわかればよくて、
冒頭をfis mollからみる必要性も、その行為にとりわけ価値があるようにも思えないね。
結局理屈はバッハ本人しかわからない訳で、現世からの後付け理論として妥当なのは、①を達成するための固有Ⅶとかでいいのでは。

私は①が特に大事だと思うね。
低い声部の徹底した順次進行において、セクションの初め部分の旋法と、
終わり部分の旋法を別のものにしたりして、巧妙に対比させているのでは　と感じる。
結果的にメロディックマイナーとドリアの対比ともいえるけど。
なので、
>>520がいう
＞たぶん1小節のG#はG-C#の増4度を嫌ったものだろうけど
という解釈はあまり好きではない。そうみても間違いではないだろうが、①を無視している解釈ともいえる。
旋法優位で和声付けしたほうが良いのは間違いない。