一番下のCisが無かったのは当時の多くのオルガンでは無くて
ジルバーマン製のオルガン、ちなみ、手鍵盤にも無いし、チェンバロも無い

で、なるべく音色を変えたくないんで、出ない音はストップでオクターブあげさげしつつ
ペダル鍵盤上でもあげさげしつつが基本じゃない？

音が無い場合だけじゃなく、音色の関係でオクターブ上のストップを使って
オクターブ下げて弾くとか、手鍵盤用に書かれた曲を手が小さいんで
ペダルで補う（ペダルコッペルを使って）とか、そう言うことは日常茶飯事かと思います。