>>ﾌﾟﾚﾘｭｰﾄﾞの69小節目、上から３番目の声部のFですが、
>>２拍目でEsに進行しているんでしょうか。

そうです。

69小節での各声部の進行は、上から順に、
D→C、
F→Es、
G→C、
G→G、
H→C、

というように整理して解釈するものですが、
実作品では、いくつかの解釈が可能でしょう。
私の解釈が唯一と主張するつもりはまったくありません。