"equal temperament"は「等分平均律」と訳すのが正式ですね。　
（おっしゃるとおり、"equal"に「平均」という意味はないですからね）
しかし、実際に「平均律」と言えば等分平均律、
特に十二（等分）平均律のこととして通用するのはしかたがないです。
そういう意味で「平均律クラヴィーア曲集」と言えば十二平均律と思いこむおそれはあります。
しかし、実際のところバッハがどういう平均律を用いたのか、結論は出ていないので、
「不等分平均律クラヴィーア曲集」とするわけにも行きませんね。
結局、誤解はそのつど直すということで、
「平均律クラヴィーア曲集」で良いのではないでしょうか。
バッハについて、その手の注釈が必要なことはざらにあるでしょう。