主題っていうのが何なのかよく分からないんですけど、案外主題は適当な
ものでもバッハのような構築的な音楽の場合にはOKなんですかね。

それほど主題自体には拘りがないということでしょうかね。

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%95%E3%83%BC%E3%82%AC%E3%81%AE%E6%8A%80%E6%B3%95
によると、「未完成の最終フーガを除く全てのフーガは、上下転回されたり装飾もしくは
変形された主題をもとに書かれている」そうですし。

建築で言えば、素材がレンガだろうが石だろうが木だろうが関係ない、構造が重要なんだって
感じですかね。