>(完全4度および完全5度がある)世の中の音楽が全て機能和声を持ってたり、
それを元に構成されたものではないわけでね。

カッコ内を補ったけど、そういう意味だよね。だからこそ
完全4度および完全5度がある→機能が3つ
なんて考えることはできないでしょっていう指摘なんだけど。