Ｇ弦からＦ弦へ替えて弾いて編集した件について、勝手に考えてみた(勝手だから根拠も何もないよ！)。
それはフーガの楽章の可能性が大きいんじゃないかな？
先立って提示されたある主題(基本主題)が、より低い声部に移調されて応答する箇所で、
楽器の帯域の限界により、元の主題と同じ(厳密には、フーガの応答様式に厳格に倣った)音程進行を辿ることが出来きない箇所があり、
例えば下降音の最後がどん詰まりになってしまうとかをバッハも覚悟の上で、妥協して音程進行が歪められて書かれたと思われるフレーズを、
録音音楽という表現が可能な時代の演奏家であったハイフェッツが、作曲者は本来こうしたかったのだと読み込んだ上で、
その信念に基づいて、その方法で可能であればやってみようと実践したものなんじゃないかな？
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(なんかまとまってない文だなー！何言ってるかわかんないかもねm(__)mゴメン)

だとしたら、その問題の箇所はこの発想に基づき譜面を読み込んでここかな？と思った箇所を、調律師さんとか絶対音感を持った人に聴いてもらって確認してもらうという方法もあるんじゃないかな？

でも、俺にはそんな作業はできないから、どこに当たるか同時に仮説を示せとか言わないデネ。
駄目もとで、対位法関係のスレ(あそこはプライドだけやたら高いアホ常駐者が何人か居るから注意)とかで聴いてみると答えてくれる人が居るかも知れんぞ。

しかしまあ、こういった録音手法は、邪道であるとして全く受け付けない人も多く居るのは仕方ないだろう。
それはそれで理屈抜きに純粋な感情に基づくもので、説得して考え方を覆しせるようなものではなく、
ある程度、尊重してあげないといけなことなんじゃないかなー？