問題ないと思うけど。
テレマンの「忠実な音楽の師」は、典型的家庭音楽だから
楽器指定の幅が広いんだけど、音域の関係で、楽器によって調が変更される場合もある。
それはバッハの場合も同様で、例えば編曲作品であるチェンバロコンチェルトは
原曲と調が違うよね？
バロック時代は「芸術」とかいう意識よりも、実用重視な面があるから、
現代的視点でオリジナルの調性が絶対、という見方は出来ないかもしれないと思う。