要するに
長調作品で現われる短調の部分が、それまでの展開からすると不釣合いに思えるくらい、
シリアスに響くってことなのでは?
(ピアノソナタ12番ヘ長調のフィナーレに出てくる短調の経過句のメロディもそういう類のものですね)
それでいて全体の調和が取れているところが一流の証なのかも。

>提示部の短調と展開部の短調に調性としての性質の違いはないはず

ソナタ形式の話じゃないですよ。