そのMUTEは本体のF3でミュートしましたか？うちではそれでも録音されてます。
iRecordMusicのブラウザ画面内に出て来たプレーヤーのミュート機能でミュートしたり
音量調節ツマミをいじると、録音に反映されるようです。
他のアプリで鳴った警告音や音楽などは録音には入りません。

iCalでタイマー予約したものは、予約時刻2分前に来ると自動的に立ち上がります。
これはデフォルトでミュート設定になっています。
タイマーを使わず継続的に録音しているものは、僕はF3以外にミュートの方法を知りません。

継続的に録音しているものを残り何分で終了させるという動作も可能です。
Control -> for a while で好きな分数指定ができ、またFor 15 minsなどで
すばやく規定の分数を入力する事も可能です。
いわゆるビデオのクイックタイマー予約ですね。

複数作動させ、同時に複数のストリームを録音する事も可能です。
このとき、New Windowでも作動しますが、録音しているストリームがある時は
僕が試したところ止まってしまいました。iBook G4では処理能力が追いつかないのかもしれません。
New iRecordMusicなら止まらずもうひとつの画面を立ち上げられるようですが、
録音中には注意が必要でしょう。
（どうしてもという場合はアナウンスなど切れても差し支えない部分で試して下さい）