流れが初心者質問スレから逸脱しそうですのであまり詳しくは書きませんが、「弾き込み」
とエイジングの問題は科学的に裏付けにくいものです。
興味のある方はご自分で調べてみられると面白いかもしれません。
私個人の考えは先に述べましたが、こんな考え方もあるということで紹介しておきます。

まず、肯定・否定を両方とも紹介している「アコースティックナビゲーター」
http://www.h6.dion.ne.jp/~aco-navi/argumentation.htm
論理が簡潔にまとめられていると思います。

ギターフォーラム
http://delcamp.net/forum/ja/viewtopic.php?t=487
こちらはオーディオの場合との比較の例もあってわかりやすいです。

こちらは製作家の尾野薫氏の考えが載っています。
＞これは多数のギターを弾き比べることで、少しずつわかってきます。
　そして、そのギターが新しいなら、弾き込みでどんな音色になっていく
　か想像します。また、そのギターが 充分弾き込まれている時は、出来
　上がったばかりの時の音を想像します。
http://www.auranet.jp/SALON/PHOTO/onokobo3.htm

これはギタリストのHPの質問コーナーです
http://www.geocities.jp/h_montay/kado_faq1.htm
楽器は弾き込むと良くなると聞いたのですが？

ネットには多くの資料が出ていて選択が大変ですが、バランスよく選んだつもりです。
あとは、読んだ方がそれぞれ自分で判断なさるとよろしいと思います。