俺の聞いた話と自分の経験と推測をあわせていうと、
ギターに振動をたくさん与えると響きがよくなるらしい（根拠はないけど）ので弾きこむうちに音がよくなるみたい。
あと、よく弾きこむ人は大抵管理もそれなりにしてるので湿気がいい具合に抜けてくるというのもあるでしょう。
それと長年弾くことによって、その人の技術そのものが上達してそのギターをよく響かせるこつを
だんだんと掴めてくるというのは言うまでもないと思います。
クラギだけでなくエレキギタでもよく言われてることですね。決して都市伝説ではないと思います。