>編成が違うとか、スピードが違うとか、そういう違いがあるのでしょうか？

その通り。

リヒターは19世紀からの演奏の伝統を現代的にブラッシュアップしたもの。
1958年当時の研究成果を取り入れている。緊張感漲る厳しい演奏。2ｃｈでは聴いてて疲れるというレスもままある。

レオンハルトは1970年代以降主流となった、バッハ時代の楽器や演奏スタイルを現代に甦らせたもの。
少年合唱や男声アルトを使用。美しく透明感がある一方、宗教的感興はいまいち。

敷居の高低とかとはちょいと違う。あとは行間を嫁。もちろんリヒターとレオンハルトだけが名演というわけでもない。