私は、移調読みはしません。指使いを変えます。
お尋ねの方は絶対音感をお持ちのようですので、こちらの方が便利ではないでしょうか。
（私は絶対音感がないので、どちらでも平気ですが）
アルトフルートの「ファ」の指使いの音を「ド」と考え、実音C-durの音階を練習すればよいのではないでしょうか。
Cフルートとアルトフルートとは全く別の楽器と考え、新しい指使いを覚えるのです。
(派生音に関しては、多分体が反応するでしょう…何しろ、慣れた楽器でしょうから)
私もあるとリコーダーを演奏しますが、実音Cの音を「ド」と読んで吹いています。
リコーダーは「F」と「C」、フルートとアルトフルートは「C」と「G」。
2種類の指使いを使い分けるのは、それほど難しくないと思います。
なお、私は弦楽器奏者ですが、ほとんどの管楽器を演奏します(もちろん、うまくはない)。
それでも、指使いが他の楽器とこんがらかってしまうということはありません。
「慣れ」の問題だと思います。