さて、差音と実際の音とがぶつかるのかどうかですが、あれこれ考えていてもしょうがないので、実際に試してみました。
（パソコンとそれなりのソフトがあれば、簡単に出来ます。皆さんもどうぞ）

まず、1000Hzと1200Hzのほぼ同じ大きさの音を同時に鳴らします。すると、200Hzの差音が「聞こえ」ます。
（このときFFTアナライザ等で周波数解析しても、勿論200Hzの差音は観測されません）
次に、上記２つの音に1500Hzの音を加えてみました。すると、かすかながら差音と1500Hzの実際の音とがぶつかっているのが分かります。
（私は差音と実際の音とはぶつからないものと思いこんでいましたので、ちょっと驚きです）
（という意味で、970さんのギモンは、なかなか鋭い指摘であったかもしれませんね）

上の実験は、純正の短三和音すべてに共通する問題を提示しています。
（といっても、実際問題として殆ど誰も気づかないだろうし、気にする人もそんなにいないだろうし、説明しても気づかない人もいるだろうし）
因みに純正の長三和音の場合は、すべての差音が和音内の音（根音）となるため、問題が発生しない。