これは良い疑問ですね。
第３主題とは格上げではありません。
よく３つの主題は三位一体を表すなんて解釈がありますが、ブルックナーの交響曲をキリスト教的に考えるのは良くありません。
だって、カトリックのために尽くすのなら、もっとミサ曲を書くべきだったでしょう。
シューベルトですら６曲もあるのに、ブルックナーは番号付きに限ると３曲しかありません。
それも、すべて「０番」以前に書かれたものばかりです。

第３主題は純粋にブルックナーの音楽的欲求から生まれたものです。
その根本は、ソナタ形式が２部構造だからという点にあるのではないでしょうか？