>>256
iPod mini で使っていたデータを、iPod 40GB で使うと、ひずみがなくなるわけですか？
それ以外、たとえばエンコーディングのビットレートとか、ヘッドホンとか、
変更した点はないですか。
iPod mini と iPod 40GB で音が違うとは。

あと「HDって余裕がないとダメ」ってことは、ないと思いますよ。