ＡがＦ＃に聞こえるっていう人はあんまり聞いたことないな。
音感が in Es なの？ それとも弦の特定の倍音が聞こえてるのかな。
倍音だとすると7倍音が確か低めのＧだよ。 楽器とか調整とか弦の種類など
によってはよく聞こえるかもね。

調弦する前の音がＦ＃っていう話ならペグ回して合わせるだけの話だけど、もし
４４０Hz であわせた後でそういう状態だと４４２であわせてもかわらないんじゃない？
４４０と４４２の差って８セントぐらいだから、Ｆ＃とＧの混じった音っていうのが
音程の話だったら同じようなもんだよ。

まぁ、こまめに調弦しないと音痴になるから気をつけてね。
チューナーはコルグの OT-12 がオススメ。