ニケの話で言っている音律は教会旋法云々の話じゃなく調律の話です。
今では平均律があたりまえになっていますが、ここに行き着く（というか
妥協する）までに無数の調律法が生まれています。で、古楽の人たちは単
にピリオド楽器を用いるだけでなく音律も当時作曲家が使ったものに合わ
せようとしているわけです。
↓ここ行くと実際音で聴けてすごく勉強になりますよ。
http://www.music.ne.jp/~murashin/
自分は全然音感良くないけど、こうして聞き比べてみるといかに平均律に
染まっているかがよく分かりました。