バッハにとっての作曲が、実際の響きを想定したものなのか、
そうではなく、形而上的な響きのイメージが先に想定されていて、
それを具現するために「より相応しい」響きが選択されたものなのか、
２通りのとらえ方があると思います。
で、平均律やフーガの技法は、バッハが後者の立場であり、
観念的に作曲していたことを示すものと考えていいでしょう。
実際、バッハはオルガンの改造に携わったり、編曲を手掛けたりもしています。
当時の響きというものは作曲の出発点ではあり得ても、結論ではなかったでしょう。