1.スカラ座(ミラノにあるものを指す?オペラ座とは呼ばないの?)

ミラノのスカラ座というのは正式名称が「Teatro alla Scala」であり
「Scala」という言葉が入っているので「スカラ座」でなければ具合が悪い。

2.オペラ座:オペラガルニエとオペラバスティーユ(パリにある)

昔からオペラガルニエは通称「L'Opera」で親しまれてきた。そのことも
あって日本で「オペラ座」といえばパリのオペラガルニエを普通は指す。
オペラバスティーユができた現在でも、オペラガルニエの通称「L'Opera」は
変わらないらしい。
ちなみに正式名称は、オペラガルニエとオペラバスティーユを合わせて
「Opera Natinal de Paris」らしい。

3.オペラ座:国立オペラ座と呼ばれているの?(ウィーンにある)

日本ではウィーン国立歌劇場と呼ぶことが多いと思う。
現地でも単なる「Oper」ではなく「Staatsoper(国立歌劇場)」が通称。

なお、日本で「座」という言葉を付けて呼ばれているのはミラノのスカラ座や
ヴェネツィアのフェニーチェ座、パリのオペラ座など、イタリアや
フランスの歌劇場である場合が多いように思う。