某掲示板で判り易い説明があるのでそれをコピペさせてもらったよ。

純正律
ピアノと違いこちらについては少々詳しいのですが純正律自体が妥協の産物だと思います。
純正律は主音に対する長三度と完全５度の響きを最良にする為に他を犠牲にしています。
ハ長調におけるCとGは純正律では最良の響きになりますがおなじ完全５度のDとAはかなり
不純な響きになります。
中世教会音楽のポリフォニーの声楽曲などは素晴らしい響きが有りますが
あれは鍵盤楽器における純正律とは少々違います。
先にあげたDとAの場合などはとっさにどちらかにあわせて響きを保ちます。
したがって絶えずピッチ自体が揺れ動き出だしと終わりでピッチが違うという
現在ではすごく下手な演奏と分類される事が上手い演奏ほど発生します。
したがってピッチが固定された楽器では、かなり不自然なことになってしまいます。
また純正律では転調が上手くいかない事の他に使える和音がかなり制限されます。
基本的には主要３和音のみで副３和音がなんとかの状態で音が４種類重なる和音
などは全滅です。
純正律はかなり限定された場合にのみ真価を発揮する方法で転調や和音が自由自在に
使用できる平均律の方がより音楽にとって有用な方法だと思っています。
ジャズなどは純正律では和音に関する限り酷い結果になる曲が多いと思います。