「下取り」とは、引き取ってもらう楽器の価値の分だけ、
新しい楽器の値段を引いてもらう事をいうのでは？
だから、あなたがCを買うときにBの下取り価格から引かれる４０万円は、
すでにあなたがAを買うときに払った４０万円であり、
Aの代金を２回取られている事になりますね。

ただ、バイオリンを弾いた事も買った事もない私からすると、
これはお店が悪意を持ってやってることなのかどうかは何とも言えません。
下取りで引き取ったバイオリンを、お店で売る時には前と同じ値段を付けても、
下取りの時には購入価格より安く買い取るための（お店とお客両方が了解している）システムかも知れません。

これについては私には全く分からない事なので、
どなたかバイオリンを弾いている方のコメントをお待ちします。