>確か、短調って、上向と、下向で、高さが番う音符があると思ったのですが

それがmelodic minor scale

>僕のハノンは、両方ともgisになってます。

harmonic minor scaleですなそれ。

スケールのことを書くとボロがでますが、私の乏しい知識で書くと
A minor scaleでは 

AHCDEFGA 自然短音階natural minor scale
↓ Gを半音あげてAへの上行導音にする
AHCDEFGisA 和声的短音階harmonic minor scale
↓ このままだとF と Gisの音程幅が大きすぎ歌いにくいので?Fを半音上げる
AHCDEFisGisA 旋律的短音階melodic minor scale
但し下行のときはF→Eが導音になるようnatural minorを使う・・・

というように作られたと思います・・・本当かな(w

ぁゃιぃ・・・・・だれか専門のひとfollowしてくれょぅ・・・ドイツ語 英語ごちゃまぜだし。

音程はスケール練習ももちろんだが
音程のいいバイオリニストのCDを
フレーズ・音の高さが頭に焼きつくまで
聞きまくるというのもイイ!