ファインダでのピント合わせはマット面の場合は開放で行っていて、
AFセンサに入る光束は例えばF5.6相当だったりするから、
球面収差の補正状況によって両者が検出するピント位置が異なることがある。

絞ったときのピント位置の変動が大きいレンズとか。