前半の、社内で共有し回答情報を収集する部分、
これはFileMakerはまあまあ得意な用途。
後半の、印刷やレイアウトはかなり無理。

FileMakerは不定形不定量のデータの、柔軟な表示に難がある。
特に単一のフィールドのページングは苦手。
Word的なレイアウトも、余程無駄な努力をしないと無理。
FileMakerはデータベースのフレームワークであって、
レイアウトソフトではないから、所詮それなりよ。
そういう重要な資料であれば尚更、
FileMakerはデータベースとして割り切りデータに集中して、
InDesignなんかのレイアウトソフトに流した方が良い。

自分で組むとしたら、FileMakerでデータ処理、
InDesignにXMLで持ってって図等を貼り込み。
もしくは、MediaWikiでも入れて図も貼り込みながら、
印刷用のスタイルを作り込むかな。
MediaWikiは素だと全文検索が微妙なんで、
検索大事なら、日本語のインデックス作る対処が必要だけど。

色々ネタはあるけど、MLか公式フォーラムか、
プロっぽい人のサイトにでも訊いたほうがいいよ。
ここはどうしたって雑談中心で流れてっちゃうから。