大変。別のCPUな訳だから、再コンパイル程度じゃ動かないよ。
関連するライブラリやヘッダー、それにアセンブリでチューニングしたコードなど全て
直す必要がある。つまるところ両者をメンテするには概ね2倍の工数が必要。
64ビット版ほうが高いのは投資を回収する策だと思う。