高島屋:PECK、木村屋、ラ・バゲット、メゾンカイザー
    FOCHON、ジェラール・ミュロ、ジェノエスクベーグル
ルミネ1:ヴィドフランス、アフタヌーンティールーム
ムミネ2:ブルディガラ
京王:FOCHON、ペルティエ、ブレクレール
小田急:トロワグロ、木村屋、紀伊国屋、墨絵(メトロ食堂街)
小田急ハルク:トロワグロ、ポンパドール
伊勢丹:メゾンカイザー、木村屋、アンデルセン、エディアール
三越:JOHAN、BEGLE&BEGLE
駅東口:新宿高野、サンピエトロ
駅西口:HOKUO(やたらとある)、神戸屋(京王線新線新宿駅方面)
西武新宿駅:新宿プリンスホテルベーカリー

ざっとこんなところだと思います。あまりいいお店がないです。
他にいいところあれば教えてください!

ちなみに京王デパのペルティエは工場製なのでおすすめできません。