>ガーリックフランス等の、クープの中(上?)に具やクリームが乗ってるパンって、
>焼く前に乗せるものですか?それとも焼いた直後に?

クープのなかにみえる具は、成形のときにある程度具を全体に伸ばして巻き込むと
焼き上がるときに具の下にある生地に押し上げられてクープから顔が見える

>きのう買ってきたパンに、グラニュー糖と練乳っぽいものが乗っててすごく

グラニューなどはクープを入れたときにクープに入れる場合が多い

>パン生地の上に網目状になったパイがかぶさってたんですが

網目のパイ生地は成形時に被せるのが一般的
最終発酵で生地が膨らむときに網目も綺麗に開く
最終発酵後に被せるのは下のパン生地を傷めてせっかくのガスを出してしまう
リスクがあるのでしない