形態がメロンみたい（表面ひび割れ）だからメロンパン。
メロン風味という意味ではないみたい。特許申請には「バナナ等で風味付け」とか書かれてる。
大昔に特許申請されてるが、ご存知の通り今では一般的ですね。

よく似たネーミングにシュークリーム（キャベツクリームという意味）があります。