かなり極論な上に長文申し訳ないんだけど、
仮に新大阪→博多で乗車する客が2座席分を確保しようとした際の追加料金を
単純に乗車区間の2名分の所定運賃・料金ベースで仮定した場合、追加で支払う金額は
9350円(運賃)＋5540円(のぞみ料金/通常期)＝14890円となる。

一方、この座席を新大阪→広島、広島→博多で2名がそれぞれ乗車する事になった場合、
新大阪→広島：5460円(運賃)＋4690円(のぞみ料金/通常期)＝10150円と
広島→博多：4940円(運賃)＋3960円(のぞみ料金/通常期)＝8900円、
合計19050円分の収入を得られる可能性がある。

あくまで一例だけど、1人の客に長距離乗車されるよりは、区間毎に複数の客が乗車する方が
JRにとっては利益になるし、かと言って追加で支払う金額が高額になっても需要が…(グリーンを使えば良いという話)
空席が目立つ列車限定、閑散期限定で実験的にやってみて良いかもしれんが。