PX-Q3PE自体は稼働する実績がありますけれど、
内蔵カードリーダのLinux上での同時利用の件は、私は存じません。

それより、そのチューナは爆熱なので、道連れでカードの寿命も縮むと思います。
スリムPCではなく、放熱に余裕がある(対策ができる)サイズのPCならば、
外付けリーダを、PC筐体の中に捻じ込む方が無難かもしれません。