>MW上で動画をカットするとオーサリングにすごい時間かかるようになるよね？
>これってエンコしてるの？してない？

ムービーライターでオーサリングするならそれは仕様だと思います
エンコードはしていなくて単にオーサリングがおもいだけだと思います

MWバッチ変換→でTDAでオーサリングするのに
そんな時間はかからない思います

どちらのことかな?