終わったのに気付いてないって可能性はある？
俺の環境では終わっても自動で閉じない
エンターキーを押したら閉じた、閉じなくても出来上がったファイルの再生はできる

処理中は％表示が進んでいくよね、それが止まってるなら何かおかしいかも

今試してみた

640x480のmpeg2を512x384のflvに変換
400kpbs/2pass/シャープネスとかのフィルタは無し
Athlin64X2-5600+/DDR800-2GB

この条件で動画時間の6.5倍くらい時間かかった