紫天の書は独立したプログラムで、自動防衛プログラムとは別物
なので防衛システムの残滓=闇の欠片を防ぐ儀式魔法が敷かれていたからマテリアル達が復活するのはおかしい、という理屈は通用しない
(そもそもマテリアル達は自動防衛プログラムのせいで眠っていて、それが破壊された事で目覚めた)