裏付けや根拠が薄いから説得力はないと思うが、
「あの２人は生まれる前から結ばれる運命にあったから」だと思ってる。

三葉が東京に行って瀧に組紐を渡した時、瀧は「変な女」と思いながらも
電車から出て行こうとする三葉をなぜか呼び止めた。
そしてその後も誰か知らない人からもらった組紐をなぜか大切にミサンガみたいにして身に着けてた。
これらは瀧が何か運命のようなものを潜在的に感じてたんじゃないか。

そもそも瀧と三葉の２人は入れ替わりという異常事態にも関わらず、あまりパニックにもならず妙にのんきだった。
信頼できる人間なのかわからない、どこの誰とも知らない人間と入れ替わってるんだから、普通なら不安になったり恐怖さえ感じるはず。
それでも大きなパニックにならなかったのはやはり潜在的に運命で結ばれているということを感じていたから、
つまり、どこの「誰か知らない人ではなかった」からではないかと解釈している。
その為、入れ替わりの時にいろいろ好き勝手やっても逆にやられてもどこか信頼感があったのではと。
なんせ自分の運命の人だからな。親兄弟、夫婦恋人みたいなものだ。

それは二葉も一葉も同じで宮水家は代々そうだったんじゃないかと思う。
彗星落下から人々を守るために受け継がれた運命があったんじゃないかと。

瀧が口噛み酒を飲んでトリップした時に、洞窟内の壁画に描かれた彗星が紐になって瀧の手首に絡まり、
さらにそれがまた彗星の尾になって、日本の糸守と思われる場所に落ちる。これはおそらく1200年前の彗星落下だろう。
その後、落ちた彗星が精子のようになって地の中というか水の中を進み、卵子のような丸状のものとぶつかった後（受精した）、
細胞分裂が始まってそれが三葉になった。ヘソの緒を切られた時、一度瀧と三葉も切り離される（つまりヘソの緒は紐を表している）。
あの一連のシーンはそんな暗示があったんじゃないかと思う。
そして数年経ってからまた運命の2人は入れ替わりという現象で結ばれる。

前述したように根拠は薄いがそう考えたほうが情緒的ではある。